Temel doku, bitkinin metabolik işlevlerinin çoğundan sorumludur. Bu doku bitkinin bütün organlarında örtü ve iletim dokusu arasında kalan kısımlarını doldurur.

Temel dokunun oldukça çeşitlilik gösteren işlevleri arasında organların içini doldurma, destekleme, depolama ve fotosentez yer alır. Temel doku sistemi parankima, kollenkima ve skleren-kima olmak üzere üç hücre tipinden oluşur.

1- Parankima Hücreleri

Parankima hücreleri bitkinin kök, gövde ve yaprak gibi organlarında bulunur. İnce ve esnek çeperlere sahip bu hücrelerde, sitoplazmanın kuşattığı büyük bir merkezi koful bulunur.

Parankima hücreleri tipik bitki hücreleri olarak tanımlanabilir. Çünkü bu hücrelerde özelleşme yani farklılaşma en azdır. Daha az özelleşmiş durumlarını koruyarak olgun parankima hücrelerine gelişirler ve genellikle hücre bölünmesi geçirmezler.

Bununla birlikte, parankima hücrelerinin çoğu özel koşullar altında bölünme ve diğer bitki hücresi tiplerine farklılaşma yeteneklerini korurlar. Yani başka hücre tiplerini oluşturmak için meristematik özellik kazanabilir ya da daha fazla özelleşebilirler. Örneğin flöemde şeker özsuyunun taşınmasında iş gören kalburlu boru elemanları parankima hücrelerinin özelleşmesi sonucu oluşur.

Parankima hücreleri bitkinin metabolik işlevlerinin çoğunu gerçekleştirir. Başlıca işlevlerine göre 4 grupta incelenirler:

a) Özümleme (asimilasyon) parankiması: Özellikle yaprakların mezofil tabakasında bulunurlar ve kloroplast taşırlar. Bu tip parankima hücreleri, fotosentez yaparak organik maddelerin sentezlenmesinde görev alırlar.

b) Depo parankiması: Kök, gövde, tohum ve meyve gibi organlarda bulunan depo parankiması hücreleri nişasta, yağ, protein gibi besin maddelerini ya da su depo ederler.

c) Havalandırma parankiması: Bataklık ve su bitkilerinin kök ve gövdelerinde bulunan parankima hücreleri geniş hücre arası boşluklara sahiptir. Bu boşluklarda depo edilen hava bitkinin gaz alışverişine yardımcı olur.

d) İletim parankiması: Bu tip parankima hücreleri, iletim demetleri ile bitkinin diğer dokuları arasında su ve besin maddelerin alışverişine aracı olur.

2- Kollenkima Hücreleri

Kollenkima hücreleri yaprak saplarının ve genç gövdelerdeki epidermisin hemen altında bulunur. Örneğin kereviz sapı kesildiğinde veya yenildiğinde karşılaştığımız ipliksi yapılar çoğunlukla kollenkimadan oluşur.

Kollenkima hücrelerinin çeperlerinde düzensiz kalınlaşmalar görülür. Kollenkima hücreleri, çeperdeki kalınlaşma bölgesine göre adlandırılır. Kalınlaşma köşelerde görülürse köşe kollenkiması, çeperin bir veya iki yüzünde görülürse levha kollenkiması adını alır.

Kollenkima hücrelerinin çeperlerindeki kalınlaşmış bölgeler bitkiye dayanıklılık sağlar. İnce kalmış bölgeler ise hızlı büyüme sırasında hücrelere gerilme ve kıvrılabilme özelliği kazandırır.

Şeritler ya da silindirler halinde gruplanmış olan kollenkima hücreleri, sürgünlerin genç kısımlarını desteklemeye yardım eder. Ayrıca, işlevsel olgunlukta canlı ve esnek olan bu hücreler destekledikleri gövde, yaprak gibi yapılarla birlikte uzarlar.

3- Sklerenkima Hücreleri

Sklerenkima hücreleri bitkide destek elemanı olarak işlev görür. Bu hücrelerin çeperleri düzenli lignin birikiminden dolayı oldukça kalın ve serttir. Sklerenkima hücreleri, işlevsel olgunluğa ulaştıklarında canlılıklarını kaybederler ve sertleşmiş çeperleri bitkiyi destekleyen bir "iskelet" olarak kalır. Olgun sklerenkima hücreleri boyuna uzamanın durduğu bitki kısımlarında bulunur.

Sklerenkima hücreleri tümüyle destek sağlamak için özelleşmezler. Örneğin ksilemin su ileten elemanları olan trake ve trakeidler, hem destek hem de taşıma işlevi gören özelleşmiş sklerenkima hücreleridir. Bununla birlikte, lif ve sklereid (taş hücresi) olarak adlandırılan hücreler sadece destek sağlama işlevi için özelleşmiş sklerenkima hücreleridir.

Bu hücrelerden ince, uzun, çeperleri kalın ve iki ucu sivri olan lifler, çoğunlukla gruplar halinde bulunur. Sağlam ve esnek olan bu liflerden bazıları ticari amaçlı kullanır. Örneğin jüt lifleri halat yapımında, keten lifleri ise keten dokumacılığında kullanılmaktadır. Sklereidler ise, liflerden daha kısa ve düzensiz bir şekle sahiptir.

Bu hücreler tohum kabuklarında, fındık, ceviz, badem gibi bitkilerin kabuklarında ve sert meyvelerin kabuk ve etli kısımlarında bulunurlar. Örneğin armut ve ayvanın yenen etli kısmının kumsu ve pürtüklü yapısı küçük taş hücrelerinin oluşturduğu kümelerden kaynaklanır.